Trường THCS Nguyễn Chí Thanh được thành lập theo Quyết định số 337/2000/QĐ-UB, ngày 25 tháng 5 năm 2000 của UBND huyện Đắk Mil, Tỉnh Đăk Lăk. Trường chính thức đi vào hoạt động từ tháng 7 năm 2000, ban đầu nhà trường được quy hoạch trên đất nông trường Cà phê Đức lập với tổng diện tích 7699 m2, trường được đầu tư chủ yếu từ nguồn vốn 135 dành cho các xã vùng 3 và vùng biên giới, cộng với sự đầu tư của huyện và nhân dân, phụ huynh học sinh. Ngôi trường vinh dự được mang tên vị đại Tướng Nguyễn Chí Thanh văn võ song toàn trong thời kỳ kháng chiến chống Mỹ oanh liệt và xây dựng XHCN ở miền Bắc nước ta. Ông là một trong hai vị Đại tướng đầu tiên của Quân đội nhân dân Việt Nam, là một chiến sĩ cộng sản kiên cường, trung thành vô hạn với lý tưởng cách mạng, một nhà hoạt động chính trị, quân sự lỗi lạc của đảng ta, là người lãnh đạo chỉ huy mưu lược, tài trí dũng cảm, kiên quyết của lực lượng vũ trang nhân dân.
Từ ngày thành lập đến nay, nhà trường đã không ngừng phát triển, trưởng thành và khẳng định được vị trí của địa phương, thực hiện nhiệm vụ hoàn thiện học vấn THCS cho học sinh trên toàn địa bàn xã Đăk Lao.
Ngày đầu thành lập, trường mới chỉ có 05 lớp với 198 học sinh, 10 cán bộ và giáo viên.
Năm 2019, UBND huyện Đăk Mil ban hành Quyết định số 517/QĐ-UBND ngày 12/9/2019 của UBND huyện Đăk Mil về việc sáp nhập trường THCS Nguyễn Du và trường THCS Nguyễn Chí Thanh để thành lập trường THCS Nguyễn Chí Thanh.